基因组学与信息重点实验室

例会学术报告

报告一：从基因组进化看细菌陆生化
报告人：吴浩博士 章张组
报告摘要：
水和土壤是自然界中微生物生活的基本环境，与水环境相比，土壤环境十分不稳定，主要表现在水分短缺、营养匮乏、辐射严重等，因而不利于微生物的生存，但长时间的进化却赋予细菌战胜土壤环境的种种“武器”，形成了与水生菌截然不同的土壤菌群。恒定土壤菌群（Terrabacteria）的存在现已被宏基因组学（Metagenomics）研究广泛证实，其优势菌群主要包括变形菌门（Proteobacteria）、放线菌门（Actinobacteria）、酸杆菌门（Acidobacteria）、浮霉菌门（Planctomycetes）以及疣微菌门（Verrucomicrobia）。现今的主流假说认为细菌是由水中慢慢过渡到陆地环境中的，然而对水生菌是怎样完成陆生化的过程却一知半解，而且为什么是上述细菌而不是其它菌门的细菌成功登“陆”也不得而知。在本报告中我们将通过比较基因组学分析、宏基因组学分析及进化分析对这些问题进行探讨。
报告二：组学大数据整合和信息挖掘
报告人：章张 研究员
报告摘要：

高通量测序技术的迅猛发展推动生命科学进入到多组学大数据时代，这使得传统的数据存储、整合和挖掘方法已无法适应海量生物数据的处理需求。云计算（Cloud Computing）可帮助实现生物大数据的管理和分析，而Hadoop是一套云平台构建的开源软件框架，利用Hadoop提供的分布式并行计算框架MapReduce和分布式文件系统HDFS，可实现大数据的分布式存储和并行分析。同时，生物审编（Biocuration）是生物大数据整合的关键，不仅包括生物数据本身的整合，还包括海量文献内相关信息的组织和整理，是国际生物数据中心（包括NCBI和EBI）成功的关键因素之一。本报告将介绍本课题组正在建立开发的基于Hadoop的生物大数据整合和挖掘平台Qomo（http://cloud.big.ac.cn）以及面向以水稻为代表的我国重要经济农作物的多组学数据资源库RiceWiki（http://ricewiki.big.ac.cn）。

主持人：章 张 研究员
时间： 2014年5月13日（星期二）上午10:00-11:30
地点：北京基因组研究所一楼会议厅





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