2010年第2期《基因组蛋白质组与生物信息学报》(Genomics, Proteomics & Bioinformatics)共发表了4篇研究性文章以及3篇应用软件说明。其中，中国科学院基因组科学与信息重点实验室的陈开富等发现高等真核生物秀丽线虫(Caenorhabditis elegans)的DNA序列以175个核苷酸为单位形成一定的周期性，并且这一周期性可做为具有良好定位的核小体在DNA上的特殊序列标记。运用HMM算法得知核小体并非随机定位于DNA序列上，而是以差异稳定性结合基因组的不同区域，这一发现使得通过模拟计算解码核小体在基因组上的定位位置成为可能。同一实验室的何西淼、陶舒等通过对人类CGI库(CpG island library)的分析发现CGI库中丰度最高的序列均来自于线粒体DNA，这为深入理解线粒体DNA对核内DNA甲基化的调控提供了线索。印度的Prabu和Mandal利用已知的植物miRNA从茶(Camellia sinensis)的序列表达标签(ESTs)中鉴定了4个可能的miRNA，以及30个与其相对应的靶基因，为人们更全面地了解茶中miRNA的功能提供了数据基础。哥伦比亚Quindío大学的Arenas等对顶复门寄生虫(apicomplexan parasites)的胰蛋白酶进行了鉴定和系统发育学分析，为新型药物和疫苗的研制提供了帮助。

此外，本期还发表了三款生物信息学的应用软件说明，包括一款鉴定sRNA定位的计算引擎PsRNA，一款用于预测C2H2锌指蛋白中与靶DNA特异性结合的识别结构域的工具ZiF-Predict，以及一款用于检测、注释以及分析同源序列或旁系同源序列的软件BiDiBlast。