美国印第安纳普渡大学刘晓文博士访问基因组所
11月14日,美国印第安纳普渡大学刘晓文博士,应Genomics, Proteomics & Bioinformatics (GPB)编辑部焦玉霞博士的邀请,到基因组所进行学术访问交流,与基因组所刘斯奇、吴琳、娄晓敏及王全会博士等进行了长时间的交流与探讨,并在基因组所为相关科研人员做了题为“Computational Challenges in Top-Down Proteomics”的学术报告,娄晓敏博士主持了本次报告会。
刘晓文博士的研究团队在传统Bottom-up蛋白质组学研究的基础上,致力于开发新兴的Top-down蛋白组学的计算方法。通过动态规划等算法,刘博士研究组开发了一系列开放获取的专业软件,以克服Top-town蛋白组学分析中假阳性率高、速度慢、对计算要求高等困难。此外,刘博士尝试将Bottom-up和Top-down蛋白组学方法结合起来,对突变高修饰复杂的蛋白,如抗体蛋白进行de novo蛋白测序,取得了较高的准确率。这些成果对于研究翻译后修饰(PTMs)等有非常重要的意义。本次讲座以互动方式进行,以解答观众席中源源不断的问题。刘博士还慷慨地提供了正在开发软件的试用机会。
刘晓文博士2007年获香港城市大学计算机科学专业博士学位,后于香港城市大学从事助理研究员工作,并于2008年开始先后在加拿大西安大略大学、加拿大滑铁卢大学及美国加尼福利亚大学进行博士后研究工作。2012年至今,担任美国印第安纳波利斯大学BioHealth信息学系的助理教授,主要进行生物信息学和计算生物学研究。
近年来,刘博士在PNAS, Molecular & Cellular Proteomics, Journal of Proteome Research, BMC Genomics, Proteomics, Bioinformatics等本领域知名期刊发表论文20余篇。他从2013年起担任GPB期刊编委,积极帮助期刊组稿、审稿、宣传,为期刊发展做出了贡献。
为更好地搭建国内科研人员与本领域国际专家学术交流的平台,北京基因组研究所GPB编辑部组织开展了GPB杰出学者论坛活动。主要是借助编辑部外出参加学术会议的机会,寻找合适的杰出专家学者,来本所进行学术访问,与相关研究员进行交流、探讨与合作,并为科研人员做学术报告,充分发挥编辑部的桥梁纽带作用,促进对最新研究动态的交流。
刘晓文博士在基因组所作学术报告