GPB 2014年第3-4期内容简介
2014年第3期Genomics, Proteomics & Bioinformatics(GPB)纸质版期刊已经出版,共发表文章7篇。本刊执行副主编胡松年博士(本所)研究组,就小鼠出生后大脑发育过程中转录组表达进行了研究,发现在未成年阶段基因表达最为活跃,为明确哺乳动物出生后大脑发育的分子机制提供了理论依据;
高友鹤博士(中国医学科学院)等研究了不同利尿剂对尿蛋白质组的影响,发现利尿剂显著影响尿液中的一些生物标记物的表达,提示未来生物标记物的研究应仔细评估药物的潜在影响;
马林博士(解放军医院)等研究了疾病相关基因calsequestrin 1 (CASQ1) 的多态性和热射病(重度中暑)临床指标的关系,发现SNPA175G与热射病显著相关,进一步的研究将有利于了解肌肉热应激过程中的钙调节分子机制;
Sudip Kundu博士(印度)等研发了一种新工具——C2Analyzer,可明确鉴定目标miRNA的结构和GO体系,同时,miRNA间的函数关系可以保存以备将来用做功能网络分析使用,该工具可在www.bioinformatics.org/c2analyzer免费下载使用;
宁康博士(中科院青岛生物能源与过程研究所)等研究不同的DNA提取方法对六味地黄丸的生物学组成成分鉴定的影响,为将来传统中药生物学研究提供了有效方案;高占成博士(北京大学人民医院)等对人类咽部微生物菌群进行了研究,认为它们可能在呼吸道感染的预防中起积极的保护作用,这为此类疾病的治疗提供了新的思路;
本期新增加数据库更新栏目,Peter K. Rogan博士(加拿大)指出之前发表在本刊2013年第2期的一个mRNA拼接突变分析数据库软件现在可以提供网上服务,使用地址为http://shannonpipeline.cytognomix.com。
第三期封面
2014年第4期GPB即将出版,包括1篇前景展望,2篇综述,1篇快迅和1篇方法文章。其中,由本刊副主编章张博士(本所)等撰写的前景展望,首次确定了Biocuration的中文翻译,指出目前中国在本领域研究面临的挑战,非常值得思考和推进,具有很强的前瞻性; 同时简单介绍了Biocuration国际会议,为将于2015年4月23-26日在北京举办的第八届Biocuration国际会议(Biocuration2015)预热。本所是Biocuration2015的协办单位,GPB也将以参展单位的身份参会,欢迎有兴趣的人员关注、参加。关于会议更多详情请登陆http://biocuration2015.tilsi.org/。
神经系统疾病包括中枢神经系统中多种复杂的疾病,由于很难接近病理中心,因此这类疾病的基础和转化医学研究都受到了很大的限制。但随着目前测序技术的飞速发展,使研究该类疾病的分子机制和生物学标记物成为了可能。本刊副主编雷红星博士(本所)研究组,就神经退行性疾病和神经发育障碍疾病,以研究最广泛的阿尔茨海默病和自闭症这两类最为严重的神经系统疾病为例,对最新基因组学研究进展进行了综述,很有针对性和指导意义。
重复DNA序列是真核基因组的主要组成部分,可能具有种属特异性,是分类学和系统发生学研究的重要工具。Shweta Mehrotra博士(印度)等对植物核DNA重复序列在类型、分布、进化和功能上的最新研究情况进行了综述,随着基因组学技术的进步,此类研究将能更好地帮助人们了解复杂真核生物的发生、发展过程。
鲍氏不动杆菌(Acinetobacter baumannii)是医院中一种十分重要的条件致病菌,其对于多种药物的耐药性近年来也有越来越多的报道,而质粒被认为与耐药性有关。因此,本刊编委高峰博士(天津大学)等通过对Acinetobacter baumannii MDR-TJ的全序列进行测序分析,发现了一种新质粒——pABTJ2,并对该质粒进行了详细的分析研究,认为其包含的多种噬菌体样元素和tRNA编码基因与耐药性有密切关系,这将帮助研究者们更好地研究Acinetobacter baumannii的耐药性。
阐明复杂生物系统间相互作用的特性是蛋白质间相互作用网络分析和计算生物学分析的主要研究目标。Massimo Natale博士(意大利)等开发了一个Cytoscape2.8版本的插件——FunMod,可挖掘无方向性的蛋白相互作用的网络数据、推断相互作用蛋白的子网络数据、发现与疾病相关的通路,并通过拓扑结构分析来描述各个蛋白及其相关的生物学通路,以帮助人们更好地进行相关数据的判读、分析。
另外,GPB将在明年4月出版“Biomarkers for Autoimmune Diseases”的专刊,由University of Texas Southwestern Medical Center的Edward Wakeland博士和Quan-Zhen Li博士共同担任Guest editors,欢迎大家积极投稿,详情请查看Call for paper。
以上两期文章全文均可在GPB主页(http://www.elsevier.com/locate/gpb)或ScienceDirect数据库(www.sciencedirect.com/science/journal/16720229)中浏览下载,欢迎大家阅读、引用。
第四期封面
敬请期待—GPB 10月出版Translational Omics专刊
GPB将在下一期(2014年第5期)出版“Translational Omics”的专刊,由本刊副主编方向东博士(本所)和本刊编委Andreas Keller博士(德国Saarland University)共同担任Guest editors。目前已接收的稿件中,包括来自Ashok Amin博士(美国Virginia Tech)、祁鸣博士(美国University of Rochester Medical Center/深圳华大基因/浙大医学院第一附属医院/沃森基因)、吕有勇博士(北大)、饶绍奇博士(广东医学院)和严江伟博士(本所)的文章,内容涉及基因组学、蛋白质组学及生物信息学技术在肿瘤等疾病及法医学方面的应用,均为邀请来稿。欢迎大家关注本专刊。