国家生物信息中心合作构建免疫衰老多组学数据库

随着全球人口老龄化趋势的加剧,老年人口的健康问题日益受到关注。在这一背景下,免疫衰老(Immunosenescence)作为影响老年人健康的关键因素之一,逐渐成为研究的焦点。免疫衰老是指随着年龄增长,免疫系统功能逐渐减退的现象,包括新免疫细胞的生成减少、现有免疫细胞的功能改变以及慢性低度炎症状态的持续存在,通常被称为“炎症老化”。免疫衰老与感染性疾病的易感性增加和慢性年龄相关疾病的发病风险上升密切相关。

为了深入理解这一复杂过程并寻找延缓衰老的策略,11月30日,国家生物信息中心张维绮团队、鲍一明团队和中国科学院动物研究所刘光慧研究组、曲静研究组合作,建立了免疫衰老领域首个多组学数据库Immunosenescence Inventory,旨在为整合和分析与免疫衰老相关数据提供一体化平台。该研究以“Immunosenescence Inventory—a multi-omics database for immune aging research”为题在Nucleic Acids Research 期刊发表。

该数据库收集和整合了来自人类和其他动物物种的免疫衰老相关数据集,覆盖了广泛的免疫衰老的细胞特征、分子标志物以及随年龄纵向变化的多组学信息,包含单细胞转录组学、转录组学、表观基因组学以及T细胞受体和B细胞受体的免疫组库数据(图1),为理解免疫衰老的细胞分子变化提供了重要数据资源。

该数据库由知识图谱、多组学数据集和工具三大核心模块组成。知识图谱模块构建了一个数字知识图谱,详细记录了免疫细胞类型、分子标志物、与免疫相关的基因注释、免疫细胞随年龄动态变化的特征、与衰老相关的细胞因子变化以及免疫衰老的生物标志物和干预策略。多模态数据集模块展示了不同物种免疫衰老的多维组学变化。其中,单细胞转录组学模块收集了来自4个物种、13种组织中59种免疫细胞的基因表达变化(图2)。工具模块则提供了在线工具,以辅助开展免疫细胞识别和免疫时钟计算。

综上,Immunosenescence Inventory对免疫衰老知识与数据进行了专业的整合,并将持续更新和开放,为未来免疫衰老机制研究和新型干预策略开发提供有力支撑。

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单细胞转录组学模块

国家生物信息中心张维绮研究员、鲍一明研究员、中国科学院动物研究所刘光慧研究员、曲静研究员为本文的共同通讯作者。国家生物信息中心李豪博士、赵薇博士、杨飞工程师、乔琴助理研究员、中国科学院动物研究所/北京干细胞与再生医学研究院马帅“致一”研究员、国家生物信息中心硕士毕业生杨宽、宋述慧研究员为本文的共同第一作者。首都医科大学宣武医院王思研究员为本文提供了指导。该研究获得国家自然科学基金委、国家科技部、中国科学院和北京市等项目的资助。

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