基因组所成功开发整合网络工具——iBIG
近日,北京基因组研究所基因组科学与信息重点实验室雷红星研究员,带领其团队成功开发网页版整合网络工具——iBIG (integrative BIoloGy),该研究成果《iBIG: An Integrative Network Tool for Supporting Human Disease Mechanism Studies》在Genomics, Proteomics & Bioinformatics (GPB) 2013年第3期Gene Regulatory Networks (GRN,基因调控网络) 专刊上发表。该工具整合了多种基因相互作用和调控信息,生成的基因网络可以进行各类信息注释并在线直接完成可视化,这种网页版的可视化方式为网络的完善提供了极大的方便。
此外,该工具还提供了一个附件R软件包ArrayPro。利用该软件包中提供的一系列函数可以对微阵列数据进行预处理;可以寻找差异表达基因,由此生成的重要基因列表通常可被用作iBIG的基因输入;可以对基因列表进行功能富集分析;还可以构建功能模块网络,利用iBIG也可以将功能模块网络在线直接完成可视化。
为了展示iBIG的效用,雷红星研究员及其研究团队收集了54组人类常见疾病的微阵列数据,构建了基因和功能两个层面的网络。这两个层面的网络为人类疾病致病机理的研究提供了新的思路。
总的来说,iBIG是一个全新的网络构建和可视化工具,其特色在于整合了多种基因相互作用和调控信息,网页版的可视化方式,以及功能模块网络的构建。
iBIG链接:http://lei.big.ac.cn/ibig
R软件包ArrayPro链接:http://lei.big.ac.cn/download/open_download_page.
论文链接:http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1672022912001131
iBIG 架构图