从2012年第2期开始，Genomics, Proteomics & Bioinformatics（GPB）所有接受稿件均可在ScienceDirect数据库的Article-in –Press板块提前浏览。

本期GPB共发表7篇文章，包括1篇评论、1篇综述、4篇研究性文章和1篇方法。

本刊主编于军研究员就其十五年来关于基因组转录方面的研究成果发表了简短评论，对一些问题进行了更深入的思考，并对一些传统观点提出了新的挑战。例如：我们将如何评价不同物种所表现出的不一样的以转录为中心的遗传突变？

全基因组序列分析是生物信息学和计算生物学研究的基础，Bilal Wajid等人对过去数十年Genome Assembler的研究工作进行了总结，对二代测序技术Genome Assembler的一般算法特点进行了综述，为初学者和感兴趣人员了解本领域提供了很好的帮助。

在我所于军研究员和胡松年研究员的指导下，崔鹏、刘万飞、赵宇慧等人对三甲基化组蛋白H3赖氨酸4（H3K4me3）进行了研究。其中一篇文章利用ChIP-Seq、RNA-Seq分析技术，绘制了小鼠大脑和睾丸组织中H3K4me3和H3K27me3的基因组图谱，并进行了比较分析。研究发现，该基因修饰与组织特异性表达、功能和发育密切相关。结果显示，H3K4me3和H3K27me3很少出现在沉默基因中；并且，包含了H3K4me3和H3K27me3的二价染色体域在两种组织中均无处不在，而这些二价染色体域更倾向于以“赢者通吃”的方式来调节相关基因的表达。同时，在小鼠的胚胎干细胞中也证实了上述结论。另一篇文章研究了H3K4me3与反义转录的关系。通过分析小鼠大脑和睾丸组织数据发现，H3K4me3在正义基因的3′ 端有显著富集，被称为3′-H3K4me3，两种组织中3′-H3K4me3均与大约15%的蛋白编码基因有关。通过对转录起始信号的研究发现，3′-H3K4me3与反义转录的起始相关，且3′-H3K4me3修饰水平与相关正义基因的反义表达水平是正相关的。这揭示，H3K4me3可能参与反义转录的调节。同时，通过对人类、果蝇和拟南芥的研究推测，3′-H3K4me3区域可能是作为反义转录的潜在启动子在发挥作用，3′-H3K4me3可能是真核生物中普遍存在的一个重要组成部分。

小麦白粉病是由于感染白粉病菌引起的，是一种世界性病害，可导致小麦产量受到巨大损失。为了帮助解决这一世界难题，本刊编委王向峰老师与中国农业大学孙其信、解超杰老师等人合作，进行了转录组的比较研究。他们通过基因芯片分析，比较了两种不同基因型的小麦（易感、抗病）对白粉病菌感染前及感染后不同时间叶片的转录组，以研究影响小麦对白粉病菌感染做出应答的基因和信号通路。结果表明，抗白粉病是一种由大量基因参与调控的极度复杂的系统反应。

水牛是一种草食反刍家畜，适宜水田耕作，常以役用为主，但目前越来越多的国家和地区正努力将水牛转为乳用或肉用。其中，印度55%的牛奶都来自水牛奶，具有十分重要的应用价值。目前，水牛的全基因组序列信息尚需完善，Jakhesara等人利用水牛肌肉组织来源的cDNA作为探针，从其基因组中捕获Tissue Specific Temporal（TST）外显子，并采用454技术进行测序研究，以揭示该物种的肌肉组织特异性基因和单核苷酸多态性。结果显示，用该方法检测到的39,697个SNPs中，48.98%位于基因间区域，34%位于内含子区域，发现仅有1.2%是在之前曾经报道过的，且均为同义替换。这就为研究尚未完成全基因组测序物种的编码序列变异情况，提供了新的策略。

非编码RNA（non-coding RNA, ncRNA）在转录水平调节基因表达方面起到很重要的作用，但仍有许多ncRNA有待进一步被发现，它们的功能也有待进一步被揭示。而ncRNA没有蛋白编码RNA所具有的起始密码和终止密码，寻找它们并不是一件容易的事。Michael Bao等人在结合sequence motifs和structural parameters这两种常规方法的基础上，研发了一种基于ab initio的寻找基因组序列中ncRNA的新方法——ncRNAscout，该方法包括测量序列频率、序列结构稳定性和某一特定序列频率三部分。与类似的smyRNA方法相比，该方法由于加入了最小自由能t-scores和SVP值这两个参数，因此能更精确地定位基因组中的ncRNA序列。该工具可在http://bioinformatics.njit.edu/ncRNAscout使用。

本期文章全文可在ScienceDirect数据库（www.sciencedirect.com/science/journal/16720229）或GPB主页（http://www.elsevier.com/locate/gpb）中浏览下载，欢迎大家阅读、引用。

附：本期目录

Commentary

Challenges to the common dogma

Review

Review of general algorithmic features for genome assemblers for next generation sequencers

Articles

The association between H3K4me3 and antisense transcription

Comparative analyses of H3K4 and H3K27 trimethylations between the mouse cerebrum and testis

Transcriptome comparison of susceptible and resistant wheat in response to powdery mildew infection

Tissue-specific temporal exome capture revealed muscle-specific genes and SNPs in Indian Buffalo (Bubalus bubalis)

Method

Searching for non-coding RNAs in genomic sequences using ncRNAscout