10月23日，北京市疾病预防控制中心、中国医学科学院病原生物学研究所、北京大学、清华大学、中国科学院北京基因组研究所合作在《国家科学评论》（National Science Review）上在线发表题为“北京新冠肺炎疫情再现可能源于冷链食品污染”（Cold-chain food contamination as the possible origin of Covid-19 resurgence in Beijing）的研究论文。该论文通过对2020年6月北京疫情相关病例、环境与食品等样品的核酸测序和病毒基因组序列分析，结合全面的流行病学调查和大数据分析，揭示了该疫情可能源于冷链食品污染，提出冷链运输可能是新冠病毒传播的新途径。

　　研究团队利用自主开发的低病毒载量样品处理方法，对110个病例和环境样本进行了高通量核酸测序，共获得了72条高质量的新冠病毒基因组序列。分析发现，这些序列均具有8个特征性突变位点（C241T、C3037T、C14408T、A23403G、GGG28881-28883AAC和C6026T），这些位点在我国此前的本土和输入病例中从未发现过。与新冠病毒基因序列数据库比对，发现除C6026T之外，具有其它7个突变位点的病毒主要存在于欧洲。这些结果进一步提示新发地疫情的病毒应为单一性的新发境外输入。

　　该论文的完成，体现了多个研究机构中不同专业背景科研人员之间的精诚合作，也为今后类似复杂问题的快速解决提供了一种有效的方案。北京市疾病预防控制中心新冠病毒肺炎防控和检测组参与完成现场调查、样本采集和核酸筛查。中国医学科学院病原生物学研究所王健伟/任丽丽研究团队在P3实验室完成了样品的核酸测序前处理流程。北京大学黄岩谊与清华大学王建斌课题组发展的快速基因组测序样品处理方法为新发地疫情关键样品的准确快速病毒测序提供了技术基础和实验支持。中国科学院北京基因组研究所李明锟课题组完成了对关键样品序列的分析。

新发地疫情样本序列及其近缘序列进化树

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