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研究员

 

慈维敏 ( CI Weimin )

职    称:
研究员
职    务:
博士生导师
E-Mail:
ciwm@big.ac.cn
学科类别:
基因组学
 
 
 
 学习经历:
 

1995年9月-1999年9月,北京师范大学,物理学,理学学士

1999年9月-2004年7月,中国科学院生物物理所,生物物理学,博士学位


 工作经历:
 

2004年10月-2008年1月,美国爱因斯坦医学院,博士后

2008年1月-2009年8月,美国康奈尔医学院,博士后

2009年8月-2014年1月,中国科学院北京基因组研究所,副研究员

2014年1月至今,中国科学院北京基因组研究所,研究员,博士生导师

2022年9月至今,中国科学院精准基因组医学重点实验室,副主任


 主要研究领域:
 

肿瘤基因组和表观基因组学研究以及泌尿系统肿瘤精准医学研究


 承担科研项目情况:
 

1. 国家重点研发计划,建立性腺衰老干细胞治疗临床方案,2019/12-2023/12,在研,子课题负责人;

2. 国家重点研发计划,增龄相关健康减损的生物学标志物研究,2018/12-2022/12,在研,课题负责人;

3. 中国科学院战略性科技先导专项,衰老伴随的核酸修饰变化及调控,2017/12-2022/12,在研,子课题负责人;

4. 2017年度王宽诚率先人才计划“卢嘉锡国际团队”项目,“王宽诚教育基金会” K.C.Wong Education Foundation表观遗传学前沿研究团队,2018/01-2020/12,已结题,项目负责人。

5. 中科院前沿科学与教育局-中科院前沿科学重点研究项目,肿瘤转移模式和表观遗传驱动力的识别,2016/08-2020/12,已结题,项目负责人。

6. 国家自然科学基金面上项目,中国女性患者上尿路上皮癌复发的多基因机制研究,2017/01-2020/12,已结题,项目负责人。

7. 国家自然科学基金国际(地区)合作与交流项目,2019年度NSFC-FDCT精准医疗学术研讨会,2019/06-2019/12,已结题,项目负责人。

8. 2016国家重大研究精准医学重点专项,国家重点研发计划“精准医学研究”重点专项,绘制胚胎到个体发育、多民族和恶性肿瘤样本细胞和组织表观基因组图谱 2016/07-2018/12,已结题,课题负责人。

9. 中国人群精准医学研究计划,中科院重点部署项目,恶性肿瘤的基因组演化和精准医学研究,2016/01-2018/12,已结题,课题骨干。

10. 国家自然科学基金优秀青年科学基金项目,肿瘤表观基因组学,2015/01-2017/12,已结题,项目负责人。

11. 国家自然科学基金重大研究计划, DNA甲基化/去甲基化重编程在泌尿系统上皮细胞分化、恶性转化、侵袭转移中的作用机理研究,2016/01-2016/12,已结题,项目负责人。

12. 中科院前沿科学重大突破择优支持,表观遗传信息在动物进化中的重编程和遗传规律,2014/08-2015/12,已结题,项目负责人。

13. 国家自然科学基金重大研究计划,肿瘤转移过程中基因突变和表观遗传变异协同性进化的规律,2013/01-2015/12,已结题,项目负责人。

14. 国家自然科学基金面上项目, DNA甲基化调控肝癌干细胞产生及分化的分子机制研究,2012/01-2015/12,已结题,项目负责人。

15. 中国科学院知识创新工程,表观遗传变异在正常细胞转化为肿瘤细胞过程中的作用机制,2011/01-2013/12,已结题,项目负责人。


 代表论著:
 

1. Ma Q#, Wang J#, Qi J#, Peng D#, Guan B, Zhang J, Li Z, Zhang H, Li T, Shi Y, Li X*, Zhou L*, Chen K*, Ci W*. Increased chromosomal instability characterizes metastatic renal cell carcinoma. Translational Oncology 14 (2021) 100929.

 

2. Han Y#, Li X#, Zhang M#, Yang Y#, Ge G, Wang K,Gong Y, Liang Y, Niu H*, Ci W*. Enhanced detection of genitourinary cancers using fragmentation and copy number profiles obtained from urinary cell-free DNA. Clinical Chemistry. 2020.

 

3. Wu Z#, Shi Y#, Lu M#, Song M, Yu Z, Wang J, Wang S, Ren J, Yang YG, Liu GH*, Zhang W*, Ci W*, Qu J*. METTL3 counteracts premature aging via m6A-dependent stabilization of MIS12 mRNA. Nucleic Acids Research. 2020, doi: 10.1093/nar/gkaa816.

 

4. Lu H#, Liang Y#, Guan B#, Shi Y, Gong Y, Li J, Kong W, Liu J, Fang D, Liu L, He Q, Shakeel M, Li X*, Zhou L*, Ci W*. Aristolochic acid mutational signature defines the low-risk subtype in upper tract urothelial carcinoma. Theranostics. 2020,10(10): 4323-4333.

 

5. Xu Z#, Ge G#, Guan B#, Lei Z#, Hao X, Zhou Y, Shi Y, Lu H, Wang J, Peng D, Wu K, He H, Zhang B, Li X, Zhou L*, Ci W*. Non-invasive detection and localization of genitourinary cancers using urinary sediment DNA methylomes and copy number profiles. European Urology. 2020,77(2):288-290.

 

6. Ge G#, Peng D#, Guan B#, Zhou Y#, Gong Y#, Shi Y#, Hao X, Xu Z, Qi J, Lu H, Zhang X, Zhan Y, Li Y, Wu Y, Ding G, Shen Q, He Q, Li X*, Zhou L*, Ci W*. Detection of urothelial carcinoma based on copy number profiles of urinary cell-free DNA using shallow whole-genome sequencing. Clinical Chemistry. 2020, 66(1):188–198.

 

7. Ma Q, Xu Z, Lu H, Xu ZY, Zhou Y, Yuan B, Ci W*. Distal regulatory elements identified by methylation and hydroxymethylation haplotype blocks from mouse brain. Epigenetics Chromatin. 2018,11(1):75.

 

8. Peng D#, Ge G, Xu Z, Ma Q, Shi Y, Zhou Y, Gong Y, Xiong G, Zhang C, He S, He Z, Li X*, Ci W*, Zhou L*. Diagnostic and prognostic biomarkers of common urological cancers based on aberrant DNA methylation. Epigenomics. 2018,10(9):1189-1199.

 

9. Peng D#, Ge G, Gong Y, Zhan Y, He S, Guan B, Li Y, Xu Z, Hao H, He Z, Xiong G, Zhang C, Shi Y, Zhou Y, Ci W*, Li X*, Zhou L*. Vitamin C increases 5-hydroxymethylcytosine level and inhibits the growth of bladder cancer. Clinical Epigenetics. 2018;10(1):94.

 

10. Ge G#, Peng D#, Xu Z#, G B, Xin Z, He Q, Zhou Y, Li X*, Zhou L*, Ci W*. Restoration of 5-hydroxymethylcytosine by ascorbate blocks kidney tumour growth, EMBO Reports, 2018, 19(8).pii: e45401.

 

11. Ma Q #, Lu H, Xu Z, Zhou Y, and Ci W*. Mouse Olfactory Bulb Methylome and Hydroxymethylome Maps Reveal Noncanonical Active Turnover of DNA Methylation. Epigenetics, 2017, 25:1-7.

 

12. Valls, E#, Lobry C#, Geng H, Wang L, Cardenas M, Rivas M, Cerchietti L, Oh P, Yang S, Oswald E, Graham C, Jiang Y, Hatzi K, Agirre X, Perkey E, Li Z, Tam W, Bhatt K, Leonard J, Zweidler-McKa P, Maillard P, Elemento O, Ci W*, Aifantis I*, Melnick A*. BCL6 antagonizes NOTCH2 to maintain survival of human follicular lymphoma cells, Cancer Discovery, 2017,7(5):506-521.

 

13. Chen K#, Zhang J#, Guo Z#, Ma Q, Xu Z, Zhou Y, Xu Z, Li Z, Liu Y, Ye X, Li X, Yuan B, Ke Y, He C, Zhou L*, Liu J*, Ci W*. Loss of 5-hydroxymethylcytosine is linked to gene body hypermethylation in kidney cancer, Cell Research, 2016, 26(1):103-118.

 

14. Ci W# and Liu J*.Programming and Inheritance of Parental DNA Methylomes in Vertebrates, Physiology, 2015, 30(1): 63– 68.

 

15. Li G#, Ci W#, Karmakar S#, Chen K, Dhar R, Fan Z, Guo Z, Zhang J, Ke Y, Wang L, Zhuang M, Hu S, Li X, Zhou L, Li X, Calabrese MF, Watson ER, Prasad SM, Rinker-Schaeffer C, Eggener SE, Stricker T, Tian Y, Schulman BA, Liu J*, White KP*. SPOP Promotes Tumorigenesis by Acting as a Key Regulatory Hub in Kidney Cancer, Cancer Cell, 2014, 25(4):455-468.

 

16. Jiang L#, Zhang J#, Wang J#, Wang L, Zhang L, Li G, Yang X, Ma X, Sun X, Cai J, Zhang J, Huang X, Yu M, Wang X, Liu F, Wu CI, He C, Zhang B, Ci W*, Liu J*.Sperm, but Not Oocyte, DNA Methylome Is Inherited by Zebrafish Early Embryos, Cell, 2013, 153(4):773-784.

 

17. Ci W#, Polo JM, Cerchietti L, Shaknovich R, Wang L, Yang SN, Ye K, Farinha P, Horsman DE, Gascoyne RD, Elemento O, Melnick A*.The BCL6 transcriptional program features repression of multiple oncogenes in primary B-cells and is deregulated in DLBCL. Blood, 2009, 113(22):5536-5348.

 

18. Polo JM#, Ci W#, Licht J, Melnick A*, Reversible disruption of BCL6 repression complexes by CD40 signaling in normal and malignant B-cells. Blood, 2008, 112(3):644-651.

 

19. Ci W#, Polo JM#, Melnick A*. B-cell lymphoma 6 and the molecular pathogenesis of non-Hodgkin’s lymphoma. 2008. Curr Opin Hematol. 15(4):381-390.


 社会任职:
  Current opinion in Urology (2017-) 编委
中国遗传协会(2017-) 会员
中国抗癌学会(2018-) 会员
中国细胞生物学会衰老细胞生物学分会(2018-) 理事
中国抗癌协会肿瘤标志专业委员会甲基化标志物专家委员会(2019-) 常委
中国抗癌协会第七届肿瘤标志专业委员会(2020-) 委员

 获奖及荣誉:
 

2014年,国家自然科学基金优秀青年项目支持

2016年,中科院前沿科学重点研究项目

2017年,王宽诚率先人才计划“卢嘉锡国际团队项目” 团队负责人

2020年,《表观遗传学》课程获中国科学院大学2020年学院级“研究生优秀课程”