肖景发----中国科学院北京基因组研究所

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·北京生科院11月8日第166期精品讲座 [10.31]
·学术报告--RNA interference in replication and qui... [10.08]
·北京生科院7月4日第165期精品讲座 [07.01]

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研究员

肖景发 ( XIAO Jingfa )
职称:	研究员
职务:	博士生导师
E-Mail:	xiaojingfa@big.ac.cn
学科类别:	生物信息学

学习经历：
	1991年9月-1995年7月四川大学生物学专业学士 1998年9月-2003年7月吉林大学计算生物学和计算化学博士

工作经历：
	1995-1998年沈阳第一制药厂科技有限公司助理工程师 2003-2005年中国医学科学院药物研究所计算机辅助药物设计博士后 2005-2007年犹他大学化学系计算化学和计算生物学博士后 2007-2012年中国科学院北京基因组研究所副研究员 2012至今中国科学院北京基因组研究所研究员

主要研究领域：

生物大数据整合与信息挖掘

1. 中国人群基因组数据分析：全基因组数据分析、中国人群参考基因组和遗传变异图谱、基因型与表型关联分析

2. 肿瘤基因组数据整合与挖掘：多维组学数据整合分析、单细胞转录组学分析、数据库和知识库体系构建

3. 微生物泛基因组学：分析算法和软件开发、数据库构建、泛基因组形成机制解析

承担科研项目情况：

1. 科技部国家重点研发计划，基于多级编解码技术的DNA活字生成器研究，2021.01-2025.12，在研，课题负责人

2. 中国科学院先导专项B类课题，中国人群多组学知识库体系研发与建设，2020.01-2024.12，在研，课题负责人

3. 自然科学基金面上项目，基于基因型填补的无参肿瘤基因组变异鉴定新算法研究，2020.01-2023.12，在研，项目负责人

4. 自然科学基金面上项目，微生物泛基因组信息深度挖掘新方法研究，2018.01-2021.12，在研，项目负责人

5. 重点研发计划精准医学专项，中国人群多组学参比数据库与分析系统建设，在研，2017.06-2020.12，项目骨干

6. 重点研发计划高性能计算专项，基于国家高性能计算环境的生物医药应用服务社区，2016.06-2020.12，在研，课题负责人

7. 国家发改委促进大数据发展重大工程项目，科学大数据公共服务平台与创新应用示范，2017.01-2019.12，已结题，课题负责人

8. 自然科学基金面上项目，基于深度测序和Hi-C方法对染色体层次上基因表达调控机制的研究，已结题，2015.01-2018.12，项目负责人

9. 中国科学院重点部署项目，中国人群准医学研究计划，2015.10-2018.12，已结题，课题负责人

10. 自然科学基金面上项目，基于RNA-Seq策略研究天然反义转录本的调控机制，2013.01-2016.12，已结题，项目负责人

代表论著：

全部论著

1. Yongbiao Xue*, Yiming Bao*, Zhang Zhang*, Wenming Zhao*, Jingfa Xiao*, Shunmin He*, Guoqing Zhang*, Yixue Li*, Guoping Zhao*, Runsheng Chen*, in CNCB-NGDC Members and Partners, Database Resources of the National Genomics Data Center, China National Center for Bioinformation in 2021. Nucleic Acids Research. 49: D18-D28 (2021).

2. Yadong Zhang, Zhewen Zhang*, Hao Zhang, Yongbing Zhao, Zaichao Zhang, Jingfa Xiao*, PADS Arsenal: a database of prokaryotic defense systems related genes. Nucleic Acids Research. 48: D590-D598 (2020).

3. Zhang Zhang*, Wenming Zhao*, Jingfa Xiao*, Yiming Bao*, Shunmin He*, Guoqing Zhang*, Yixue Li*, Guoping Zhao*, Runsheng Chen*, in National Genomics Data Center Members and Partners, Database Resources of the National Genomics Data Center in 2020. Nucleic Acids Research. 48: D24-D33 (2020).

4. Zhenglin Du, Liang Ma, Hongzhu Qu, et al., Xin Liu, Jingfa Xiao*, Changqing Zeng*, Whole genome analyses of Chinese population and the de novo assembly of a northern Han genome. Genomics Proteomics Bioinformatics. 17:229-247 (2019).

5. Zhang Zhang*, Wenming Zhao*, Jingfa Xiao*, Yiming Bao*, in BIG Data Center Members, Database Resources of the BIG Data Center in 2019. Nucleic Acids Research. 47: D8-D14 (2019).

6. Yongbing Zhao, Jinyue Wang, Fang Liang, et al., Wenming Zhao, Yiming Bao, Zhang Zhang, Jiayan Wu, Yan W. Asmann*, Rujiao Li*, Jingfa Xiao*, NucMap: a database of genome-wide nucleosome positioning map across species. Nucleic Acids Research. 47: D163-D169 (2019).

7. Zhang Zhang*, Wenming Zhao*, Jingfa Xiao*, Yiming Bao*, in BIG Data Center Members, Database Resources of the BIG Data Center in 2018. Nucleic Acids Research. 46: D14-D20 (2018).

8. Xin Sheng, Jiayan Wu, Qianqian Sun, Xue Li, Feng Xian, Manman Sun, Wan Fang, Meili Chen, Jun Yu*, Jingfa Xiao*, MTD: A mammalian transcriptomic database to explore gene expression regulation. Briefings in Bioinformatics. 18, 28-36 (2017).

9. Zhang Zhang*, Wenming Zhao*, Jingfa Xiao*, in BIG Data Center Members. The BIG Data Center: from deposition to integration to translation. Nucleic Acids Research. 45, D18-D24 (2017).

10. Xinpeng Tian, Zhewen Zhang, et al., Lijuan Long*, Jingfa Xiao*, Comparative genomics analysis of Streptomyces species reveals their adaptation to the marine environment and their diversity at the genomic level. Frontiers in Microbiology. 7: fmicb.2016.00998 (2016).

11. Jingfa Xiao*, Zhewen Zhang, Jiayan Wu and Jun Yu. A Brief Review of Online Software Packages for Pangenomics. Genomics Proteomics Bioinformatics. 13:73-76 (2015).

12. Wenquan Wang^#, Binxiao Feng^#, Jingfa Xiao^#, Zhiqiang Xia, et al., Ming Peng*. Cassava Genome from a Wild Ancestor to Cultivated Varieties. Nature Communications. DOI:10.1038/ncomms6110 (2014)

13. Yongbing Zhao, Xinmiao Jia, Junhui Yang, Yunchao Ling, Zhang Zhang, Jun Yu, Jiayan Wu*, Jingfa Xiao*, PanGP: A tool for quick analyzing bacterial pan-genome profile. Bioinformatics. 30, 1297-1299 (2014).

14. Yunchao Ling, Zhong Jin, Mingming Su, Jun Zhong, Yongbing Zhao, Jun Yu*, Jiayan Wu*, Jingfa Xiao*, VCGDB: a dynamic genome database of Chinese population. BMC Genomics. 15:265 (2014).

15. Yongbing Zhao, Jiayan Wu, Junhui Yang, Shixiang Sun, Jingfa Xiao*, Jun Yu*, PGAP: Pan-genomes Analysis Pipeline. Bioinformatics. 28, 416-418 (2012).

社会任职：
	Genomics Proteomics Bioinformatics 编委 Frontiers of Data & Computing 编委中国科技资源导刊编委运筹学会计算系统生物学分会常务理事遗传学会基因组学专业委员会委员中国医药教育协会转化医学专业委员会委员全国生物技术标准化技术委员会生物计量和质量控制分技术委员会委员

获奖及荣誉：

2015年中国科学院京区优秀共产党员

2016年中国科学院优秀共产党员

2018年中国生物信息学十大进展（Database Resources of the BIG Data Center in 2018）

2019年中国生物信息学十大进展（Whole genome analyses of Chinese population and the de novo assembly of a northern Han genome）

2020年中国生物信息学十大进展（Database Resources of the National Genomics Data Center in 2020）