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国家基因组科学数据中心
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肖景发(XIAO Jingfa)
研究员  博士生导师
E-Mail:xiaojingfa@big.ac.cn
研究领域:生物信息学
项目组负责人简介:

学习经历:

1991年9月-1995年7月 四川大学 生物学专业 学士

1998年9月-2003年7月 吉林大学 计算生物学和计算化学 博士

工作经历:

1995-1998年 沈阳第一制药厂科技有限公司 助理工程师

2003-2005年 中国医学科学院药物研究所 计算机辅助药物设计 博士后

2005-2007年 犹他大学化学系 计算化学和计算生物学 博士后

2007-2012年 中国科学院北京基因组研究所 副研究员

2012至今 中国科学院北京基因组研究所 研究员

学术兼职:
Genomics Proteomics Bioinformatics 编委
Frontiers of Data & Computing 编委
中国科技资源导刊 编委
运筹学会计算系统生物学分会 常务理事
遗传学会基因组学专业委员会 委员
中国医药教育协会转化医学专业委员会 委员
全国生物技术标准化技术委员会生物计量和质量控制分技术委员会 委员

获奖及荣誉:

2015年 中国科学院京区优秀共产党员

2016年 中国科学院优秀共产党员

2018年 中国生物信息学十大进展(Database Resources of the BIG Data Center in 2018)

2019年 中国生物信息学十大进展(Whole genome analyses of Chinese population and the de novo assembly of a northern Han genome)

2020年 中国生物信息学十大进展(Database Resources of the National Genomics Data Center in 2020)

生物大数据整合与信息挖掘

1. 中国人群基因组数据分析:全基因组数据分析、中国人群参考基因组和遗传变异图谱、基因型与表型关联分析

2. 肿瘤基因组数据整合与挖掘:多维组学数据整合分析、单细胞转录组学分析、数据库和知识库体系构建

3. 微生物泛基因组学:分析算法和软件开发、数据库构建、泛基因组形成机制解析

近期主要学术成果:

全部论著

1. Yongbiao Xue*, Yiming Bao*, Zhang Zhang*, Wenming Zhao*, Jingfa Xiao*, Shunmin He*, Guoqing Zhang*, Yixue Li*, Guoping Zhao*, Runsheng Chen*, in CNCB-NGDC Members and Partners, Database Resources of the National Genomics Data Center, China National Center for Bioinformation in 2021. Nucleic Acids Research. 49: D18-D28 (2021). 

2. Yadong Zhang, Zhewen Zhang*, Hao Zhang, Yongbing Zhao, Zaichao Zhang, Jingfa Xiao*, PADS Arsenal: a database of prokaryotic defense systems related genes. Nucleic Acids Research. 48: D590-D598 (2020). 

3. Zhang Zhang*, Wenming Zhao*, Jingfa Xiao*, Yiming Bao*, Shunmin He*, Guoqing Zhang*, Yixue Li*, Guoping Zhao*, Runsheng Chen*, in National Genomics Data Center Members and Partners, Database Resources of the National Genomics Data Center in 2020. Nucleic Acids Research. 48: D24-D33 (2020).  

4. Zhenglin Du, Liang Ma, Hongzhu Qu, et al., Xin Liu, Jingfa Xiao*, Changqing Zeng*, Whole genome analyses of Chinese population and the de novo assembly of a northern Han genome. Genomics Proteomics Bioinformatics. 17:229-247 (2019). 

5. Zhang Zhang*, Wenming Zhao*, Jingfa Xiao*, Yiming Bao*, in BIG Data Center Members, Database Resources of the BIG Data Center in 2019. Nucleic Acids Research. 47: D8-D14 (2019). 

6. Yongbing Zhao, Jinyue Wang, Fang Liang, et al., Wenming Zhao, Yiming Bao, Zhang Zhang, Jiayan Wu, Yan W. Asmann*, Rujiao Li*, Jingfa Xiao*, NucMap: a database of genome-wide nucleosome positioning map across species. Nucleic Acids Research. 47: D163-D169 (2019). 

7. Zhang Zhang*, Wenming Zhao*, Jingfa Xiao*, Yiming Bao*, in BIG Data Center Members, Database Resources of the BIG Data Center in 2018. Nucleic Acids Research. 46: D14-D20 (2018). 

8. Xin Sheng, Jiayan Wu, Qianqian Sun, Xue Li, Feng Xian, Manman Sun, Wan Fang, Meili Chen, Jun Yu*, Jingfa Xiao*, MTD: A mammalian transcriptomic database to explore gene expression regulation. Briefings in Bioinformatics. 18, 28-36 (2017).  

9. Zhang Zhang*, Wenming Zhao*, Jingfa Xiao*, in BIG Data Center Members. The BIG Data Center: from deposition to integration to translation. Nucleic Acids Research. 45, D18-D24 (2017). 

10. Xinpeng Tian, Zhewen Zhang, et al., Lijuan Long*, Jingfa Xiao*, Comparative genomics analysis of Streptomyces species reveals their adaptation to the marine environment and their diversity at the genomic level. Frontiers in Microbiology. 7: fmicb.2016.00998 (2016). 

11. Jingfa Xiao*, Zhewen Zhang, Jiayan Wu and Jun Yu. A Brief Review of Online Software Packages for Pangenomics. Genomics Proteomics Bioinformatics. 13:73-76 (2015).  

12. Wenquan Wang#, Binxiao Feng#, Jingfa Xiao#, Zhiqiang Xia, et al., Ming Peng*. Cassava Genome from a Wild Ancestor to Cultivated Varieties. Nature Communications. DOI:10.1038/ncomms6110 (2014)  

13. Yongbing Zhao, Xinmiao Jia, Junhui Yang, Yunchao Ling, Zhang Zhang, Jun Yu, Jiayan Wu*, Jingfa Xiao*, PanGP: A tool for quick analyzing bacterial pan-genome profile. Bioinformatics. 30, 1297-1299 (2014).  

14. Yunchao Ling, Zhong Jin, Mingming Su, Jun Zhong, Yongbing Zhao, Jun Yu*, Jiayan Wu*, Jingfa Xiao*, VCGDB: a dynamic genome database of Chinese population. BMC Genomics. 15:265 (2014).  

15. Yongbing Zhao, Jiayan Wu, Junhui Yang, Shixiang Sun, Jingfa Xiao*, Jun Yu*, PGAP: Pan-genomes Analysis Pipeline. Bioinformatics. 28, 416-418 (2012).  

 

1. 科技部国家重点研发计划,基于多级编解码技术的DNA活字生成器研究,2021.01-2025.12,在研,课题负责人

2. 中国科学院先导专项B类课题,中国人群多组学知识库体系研发与建设,2020.01-2024.12,在研,课题负责人

3. 自然科学基金面上项目,基于基因型填补的无参肿瘤基因组变异鉴定新算法研究,2020.01-2023.12,在研,项目负责人

4. 自然科学基金面上项目,微生物泛基因组信息深度挖掘新方法研究,2018.01-2021.12,在研,项目负责人

5. 重点研发计划精准医学专项,中国人群多组学参比数据库与分析系统建设,在研,2017.06-2020.12,项目骨干

6. 重点研发计划高性能计算专项,基于国家高性能计算环境的生物医药应用服务社区,2016.06-2020.12,在研,课题负责人

7. 国家发改委促进大数据发展重大工程项目,科学大数据公共服务平台与创新应用示范,2017.01-2019.12,已结题,课题负责人

8. 自然科学基金面上项目,基于深度测序和Hi-C方法对染色体层次上基因表达调控机制的研究,已结题,2015.01-2018.12,项目负责人

9. 中国科学院重点部署项目,中国人群准医学研究计划,2015.10-2018.12,已结题,课题负责人

10. 自然科学基金面上项目,基于RNA-Seq策略研究天然反义转录本的调控机制,2013.01-2016.12,已结题,项目负责人

 

  本项目组的主要研究方向为生命与健康相关的多维组学大数据整合与信息挖掘,研究内容包括:1)大规模人群基因组数据解析;2)肿瘤基因组数据整合与挖掘 3)微生物泛基因组学。

项目组成员:

  杜政霖 副研究员 多维组学数据整合分析 duzhl@big.ac.cn

  张哲文 助理研究员 微生物泛基因组学 zhangzw@big.ac.cn

  曾瀞瑶 助理研究员 肿瘤单细胞转录组学 zengjy@big.ac.cn

  卜琮凡 实习研究员 多维组学数据整合分析 bucf@big.ac.cn

  张亚东 特别研究助理 微生物泛基因组学 zhangyadong@big.ac.cn

  时硕 博士研究生,2015

  陆明明 博士研究生,2016

  姜美叶 博士研究生,2017

  张好 博士研究生,2017

  钱启衡 博士研究生,2018

  高千雯 硕士研究生,2018

  尚云飞 硕士研究生,2019

  于淑欢 硕士研究生,2020

  聂致 硕士研究生,2020

  1. 中科院人群队列全基因组测序研究

  自主开发10X Genomics与PacBio相融合的de novo基因组拼接新方法,获得中国人北方汉族个体基因组精细图谱,成为具有中国北方地域特征的“参考基因组”。完成600例中国人健康个体的全基因组测序数据解析,获得包含24.85M SNPs、3.85M indels以及106,382个结构多态的中国人群遗传变异图谱和单倍体型参考集,显著地提升了中国人群基因型推断的准确性。利用基因型和表型关联分析发现系列中国人群特异性的高频多态位点,如:位于KAT8基因的rs1549293与男性腰围显著相关,位于NR2F2-AS1的rs2938162与女性高血压显著相关,位于叶酸代谢相关基因MHTFR上的功能性多态位点rs1801133存在明显的南北方分化特征等。

  2. 原核生物防御系统相关基因的深度注释和整合分析

  防御系统是原核生物抵御外源DNA和病毒侵袭的重要防御武器,已被广泛应用于生物化学研究和抗菌药物研发。为实现对多种防御系统相关基因的整合和系统分析,我们构建了原核生物防御系统相关基因的数据库(PADS Arsenal)。PADS Arsenal涵盖33390古细菌和细菌的物种,共包含18种原核生物防御系统相关的600多万个基因。该数据库为用户提供多种方式检索防御系统相关的基因信息,并对相关结果进行可视化展示。PADS Arsenal整合了防御基因注释和演化分析功能,基于泛基因组学分析,解析防御基因在不同层级上的动态变化规律。总体上,PADS Arsenal是一个开放的防御系统相关基因的综合性数据库,可以有效促进防御系统相关研究,并为应用于生物化学研究的分子工具的开发提供参考信息。